În anul 1991, pe lângă Guvernul Republicii Moldova, a fost creat Departamentul de Stat pentru Probleme Naţionale al Republicii Moldova, organ al autorităţii publice centrale responsabil de realizarea politicii naţionale în domeniul relaţiilor interetnice şi funcţionării limbilor.

La 14 noiembrie 1990 a fost adoptată Hotărârea Parlamentului Republicii Moldova cu privire la crearea Departamentului, iar la 25 aprilie 1991 - Hotărârea Guvernului, fiind totodată determinate obiectivele şi statele de personal.  

Schimbările denumirii Departamentului, ca urmare a reorganizării instituţiei

Departamentul relaţiilor naţionale (1994)

Departamentul relaţii naţionale şi funcţionarea limbilor (1998)

Departamentul relaţii interetnice (2001)

Biroul Relaţii Interetnice (2005), (2010)

Agenția Relații Interetnice (2018)